Az ételintolerancia általában nem veszélyes betegség, de nagyon kellemetlen tüneteket okozhat. A tünetek erőssége függ a beteg által termelt enzimek, illetve az elfogyasztott reaktív táplálék mennyiségétől. Ugyanakkor hoszabb távon a folyamatosan gyulladásban lévő bélszakasz károsodása súlyos következményekkel járhat meglévő hajlammal párosítva. (IBS, Chron betegség , polip, bél rendszeri daganatos megbetegedések…stb)

Gyermekeknél az ételintolerancia hasi panaszok ( hasfájás, puffadás, laza vagy épp kemény széklet) kialakulása mellett hozzájárulhat a fejfájás, az ekcémás- kiütéses bőrelváltozások kialakulásához, valamint idegrendszeri tünetekben nyílvánulhat meg, amelyek például a figyelemhiány-hiperaktivitás (ADHD) , valamint súlyosbítja az autizmus okozta rohamokat is.

Felnőtteknél Aluszékonyság, krónikus fáradtság vagy épp álmatlanság, gyomor-bélrendszeri panaszok (puffadás, hasfájás, hasmenés, székrekedés) mellett a krónikus bőrbetegségek, depresszió, szorongás tüneteit ronthatja és az elhízásban is jelentős szerepet játszhat.